清理戰(zhàn)時(shí)文物損失委員會(huì)成立后，在陳訓(xùn)慈先生的實(shí)際主持下，各地代表和工作人員滿懷愛(ài)國(guó)熱情，克服重重困難，認(rèn)真清查文物損失情況。但日寇對(duì)中國(guó)文物的破壞、掠奪實(shí)在太嚴(yán)重了，要完整、詳盡地調(diào)查文物的損失情況，幾乎是不可能的。經(jīng)過(guò)非常艱苦的努力，到1946年底1947年初，清理戰(zhàn)時(shí)文物損失委員會(huì)統(tǒng)計(jì)得出在1937至1945年間中國(guó)各地被日軍劫掠和毀壞歷史古跡741處，書畫類15000多件，古器物類16000多件，碑帖類9300多件，珍稀書籍類300萬(wàn)冊(cè)，雜件類60多萬(wàn)件，并將此統(tǒng)計(jì)結(jié)果上報(bào)教育部和國(guó)民政府。
清理戰(zhàn)時(shí)文物損失委員會(huì)同時(shí)還承擔(dān)追回被劫掠文物以及接收敵偽圖書文物的任務(wù)。比如徐森玉先生先后接收上海敵偽圖書124箱51666冊(cè)、南京敵偽圖書69箱34525冊(cè)，運(yùn)送重慶羅斯福圖書館收藏，其中珍本、善本圖書605種9873冊(cè)。比如王世襄先生，在被馬衡和梁思成先生推薦為平津區(qū)助理代表后，因英文底子好，還承擔(dān)了《戰(zhàn)時(shí)文物損失報(bào)告表》的中英文校對(duì)工作。他在北平、天津先后沒(méi)收了德國(guó)人楊寧史所藏青銅器，收購(gòu)了收藏家郭葆昌所藏瓷器，追回美軍少尉非法接收的日本人瓷器，收購(gòu)長(zhǎng)春存素堂的宋至清代絲繡，接收溥儀留存天津張園的珍貴文物，收回海關(guān)移交的德孚洋行一批珍貴文物等等。他在《回憶抗戰(zhàn)勝利后平津地區(qū)文物清理工作》一文中說(shuō)：“自公元一九四五年日寇投降后，奔走調(diào)查，收回被劫奪重要文物、善本圖書二三千件，其中不乏國(guó)之重寶，由故宮博物院等機(jī)構(gòu)接受保管，當(dāng)屬我一生最重要的工作之一。”
1946年底，因英文好，又精通文物，王先生又加入中國(guó)政府代表團(tuán)第四組，赴日進(jìn)行戰(zhàn)犯審判、戰(zhàn)爭(zhēng)索賠等談判，主要負(fù)責(zé)調(diào)查、交涉、追還被日寇掠奪的中國(guó)文物事宜。1947年，歷經(jīng)千辛萬(wàn)苦，王世襄先生從日本帝國(guó)大學(xué)等處追回了被劫奪的原中央圖書館、寄存在香港馮平山圖書館的珍善本古籍一百零六箱，其中有大量宋元版善本，并只身將其運(yùn)回上海，經(jīng)謝辰生先生等接收后由鄭振鐸先生轉(zhuǎn)給設(shè)在南京的中央圖書館。這批珍善本古籍是抗戰(zhàn)爆發(fā)后，為搶救淪陷區(qū)一些著名藏書家舊藏散失在市場(chǎng)上的珍貴善本古籍，當(dāng)時(shí)留在上海的鄭振鐸、張菊生、張壽鏞、何炳松、張鳳舉等聯(lián)名電請(qǐng)重慶國(guó)民政府進(jìn)行搶救收購(gòu)。不久即收到陳立夫、朱家驊復(fù)電同意，并決定動(dòng)用中英庚款原定用于修建中央圖書館的�？�，作為購(gòu)書經(jīng)費(fèi)，當(dāng)即由他們五人組成“文獻(xiàn)保存同志會(huì)”專門辦理此事。當(dāng)時(shí)還決定所購(gòu)善本古籍，將陸續(xù)經(jīng)由香港轉(zhuǎn)運(yùn)重慶保存，但是除第一批有80余種宋元善本由徐森玉帶走經(jīng)由香港送往重慶外，其余3000多種運(yùn)抵香港不久，太平洋戰(zhàn)爭(zhēng)爆發(fā)，香港淪陷，這批珍善本古籍落入日軍之手，被劫往東京。王世襄先生從日本追回的這批珍貴古籍，1949年在國(guó)民黨潰敗時(shí)被帶往臺(tái)灣，是現(xiàn)在臺(tái)灣“中央圖書館”珍善本古籍的主體，而剩余部分則留在了現(xiàn)在的南京圖書館。
當(dāng)王世襄先生在日本奮力追索被劫中國(guó)文物的時(shí)候，徐森玉、顧廷龍、謝辰生先生等則在上海傾注巨大心力，歷時(shí)9個(gè)月，編纂完成《中國(guó)甲午以后流入日本之文物目錄》。這個(gè)編纂工作既是清理戰(zhàn)時(shí)文物損失調(diào)查的往前延伸，也是為中國(guó)政府向日本開展戰(zhàn)爭(zhēng)賠償作準(zhǔn)備的一個(gè)組成部分。正如顧廷龍先生在《跋》中指出的，清理戰(zhàn)時(shí)文物損失委員會(huì)“曾請(qǐng)外交部向遠(yuǎn)東顧問(wèn)委員會(huì)及盟軍駐日總部提出《追償我國(guó)文物意見(jiàn)書》一種，其中主要要求為：自甲午以來(lái)，凡為日本掠奪或未經(jīng)我政府許可擅自發(fā)掘之一切文物，均須由日本交還。該會(huì)深感在甲午以后，我國(guó)文物為日本巧取掠奪者，為數(shù)甚夥。此次辦理賠償，自亦應(yīng)不以民國(guó)二十六年后之戰(zhàn)時(shí)損失為限。而在此期間，凡為日本破壞或因日本軍事行動(dòng)損失之文物，則必須責(zé)令以同類或同等價(jià)值之實(shí)物賠償，故除編制《戰(zhàn)時(shí)文物損失目錄》外，復(fù)編《甲午以后流入日本之文物目錄》，以為交涉之依據(jù)”。因此這份《目錄》的編制在當(dāng)時(shí)除了外交上的價(jià)值之外，在學(xué)術(shù)和民族情感上具有更為重要的價(jià)值。