不過杰克·薩利如果要加入Na'vi族人對(duì)抗人類入侵者的戰(zhàn)爭(zhēng)，要付出很大的代價(jià)：他不能永遠(yuǎn)呆在“化身”中，當(dāng)“化身”——克隆Na'vi人睡覺時(shí)，他就會(huì)回到自己半身不遂的人類身體中，只有通過專門的連接設(shè)備才能重新回到“化身”中。一旦與自己的同胞為敵，他就失去了與“化身”結(jié)合的可能，只能困在殘疾的身體里，并失去那個(gè)他越來越喜歡的Na'vi女孩。

　　最后，人類在利益的驅(qū)動(dòng)下，派遣了戰(zhàn)機(jī)去摧毀Na'vi族人所生存的一棵巨樹，盡管杰克等人一再爭(zhēng)取希望可以不要那么做，但是采礦公司還是決意要去摧毀。杰克與他們協(xié)商，自己去和Na'vi族人交涉，讓他們離開那顆大樹，然而當(dāng)他說明了一切之后，Na'vi族人都很憤怒，特別是杰克喜歡的那個(gè)Na'vi族人女孩也是很憤怒，Na'vi族人就把杰克和一名女教授一起捆在了刑架上了。采礦公司派遣的戰(zhàn)機(jī)發(fā)現(xiàn)他們協(xié)商失敗了。于是就下令開火，摧毀了他們前進(jìn)的障礙——Na'vi族人賴以生存的那棵巨樹，Na'vi族人的領(lǐng)袖也被炮火炸死。

　　沒有了生存之地的Na'vi族人被迫暫居神樹之下。而杰克等人的正義行為因?yàn)楹筒傻V公司的利益相沖，被他們關(guān)了起來。后來，他們借機(jī)駕機(jī)逃跑了，杰克騎著“魅影”到達(dá)了Na'vi族人暫居的神樹下，呼吁Na'vi族人作出反抗，他終于又得到Na'vi族人的信任。在他的呼吁下，他們聯(lián)絡(luò)了潘多拉星球上了其他民族的人，一起組建了一支幾千人的反抗軍，形成了陸空兩路的防線。采礦公司的軍隊(duì)也發(fā)現(xiàn)了Na'vi族人的反抗跡象，他們迅速裝填了大量的高烈性炸藥，準(zhǔn)備提前消滅Na'vi族人。于是，Na'vi族人的反抗聯(lián)盟和采礦公司的軍隊(duì)展開了血戰(zhàn)，結(jié)果，Na'vi族人反抗軍最終打敗了人類，而人類的軍隊(duì)指揮也被殺死，Na'vi族人在杰克的幫助下，將遣送采礦公司全部離開潘多拉星球。在Na'vi的精神領(lǐng)袖的帶領(lǐng)下，Na'vi族人用自己的感受器（辮子）與神樹相連，借助神樹的力量，將杰克·薩利的精神（靈魂）轉(zhuǎn)移到他的阿凡達(dá)身上，杰克最終成為了這個(gè)星上Na'vi人的領(lǐng)袖。故事到這里就結(jié)束了。