譚棲偉分管三峽移民工作這幾年，不斷有媒體曝光稱，移民安置工作存在重大問題和資金缺口。在2010年全國“兩會”期間，他曾回應說，三峽移民安置不存在資金缺口。其建議中央加大財政轉(zhuǎn)移支付力度，解決三峽后續(xù)工作出現(xiàn)的新問題。

　　不過，2013年6月，審計署發(fā)布的“三峽工程竣工財務決算草案審計結(jié)果”顯示，移民資金被擠占挪用等涉及金額2.79億元，有217個工程項目和科研項目未按規(guī)定進行招標，涉及金額9.82億元；161個工程項目被違規(guī)轉(zhuǎn)分包，涉及金額1.45億元。(新華網(wǎng))